GuavaDB: banco de dados da genômica de Psidium guajava L.
Nome: MIQUÉIAS FERNANDES
Tipo: Dissertação de mestrado acadêmico
Data de publicação: 10/02/2020
Orientador:
Nome |
Papel |
|---|---|
| ADÉSIO FERREIRA | Orientador |
| MARCIA FLORES DA SILVA FERREIRA | Co-orientador |
Banca:
| Nome |
Papel |
|---|---|
| ADÉSIO FERREIRA | Orientador |
| MARCIA FLORES DA SILVA FERREIRA | Coorientador |
| TIAGO ANTONIO DE OLIVEIRA MENDES | Examinador Externo |
Resumo: A goiaba (Psidium guajava L.) está entre as frutas preferidas no Brasil para
consumo in natura, sendo que ela ainda ocupa lugar de destaque nas indústrias de produtos alimentícios tendo em vista a gama de produtos oriundos de seu processamento. A fruta é apreciada não só pelo seu aroma e sabor, mas também pelo seu valor nutricional, uma vez que possui um dos mais altos teores de vitamina C. Neste trabalho o rascunho do genoma da espécie foi montado com uma abordagem hibrida que resultou em 2.097 contigs com N50 587.224. Depois 68% dos contigs foram ancorados nos 11 grupos de ligação do mapa genético, permitindo obter 686 scaffolds com N50 32.5Mb. A montagem de tamanho 394,5 Mpb corresponde a 85% do genoma de acordo com validação pelo BUSCO. Sequenciamentos do transcriptoma da espécie depositado no SRA foram utilizados para montagem de novo do transcriptoma. O transcriptoma montado foi utilizado pelo pipeline Seqping para identificação de 60.538 genes codificadores de proteínas. Além dos genes 3.557 elementos transponíveis e 14.188.576 segmentos duplicados forma identificados na anotação estrutural. A anotação funcional foi realizada em três abordagens de modo que 79% dos genes foram anotados sendo 39% deles com GOs e 42% com ortologos do EggNOG. Dados da montagem do genoma, da anotação estrutural e da anotação funcional foram persistidos no banco
de dados GuavaDB disponível em guava.ufes.br. Várias funcionalidades como
ferramentas de busca, página de downloads e gestão de usuários foram agregadas ao GuavaDB afim de facilitar a gerência e exploração dos dados armazenados. Nele a comunidade científica tem agora um poderoso recurso de referência para desenvolver pesquisas que carecem de informações genômicas da espécie.
